西元前207年劉邦攻入咸陽,秦滅亡。劉邦入駐秦皇宮當日，一陣狂風吹來，皇宮上空魔氣雲集，從魔氣中傳出一個嘶啞的聲音“待我出關之時，便是爾等滅忙之日”。劉邦大驚，立即令張良徹查此事。張良夜觀星象推算出，魔氣乃是秦始皇所化，得知秦始皇當年吃下長生藥後陷入沉睡，必會有醒來的一日；於是便令自己的後人世代以誅滅秦始皇為己任。
西元183年，翼州一帶連年乾旱，民不聊生。相傳巨鹿人張角到翼州以後，施法降雨，大獲民心。然而在降雨過後，一處人煙稀少的地方卻露出了一座地宮；地宮入口上雕刻著3個大字“始皇陵”。當地民眾連夜上報給張角；翌日張角孤身一人進入皇陵。三天過後，仍未看到張角出來，眾人擔心張角出事，欲進皇陵救人，就在此時，皇陵卻憑空消失。
西元184年，張角再次出現，創立太平道，並掀起黃巾起義，欲推翻東漢統治。黃巾之亂由此開始……
主角乃是漢朝張良的後人，父輩世代以誅滅秦始皇、守衛漢室為己任。故事主線以疑似秦始皇出世，主角追殺黑影來展開，在此過程中，主角以擁護漢室正統的曹操為首，與秦始皇、劉邦一夥、孫權一夥展開鬥爭……